San José tiene su origen en una reducción jesuítica llamada San José de Ita-Cua. Las continuas guerras con los bandeirantes impidieron el normal desarrollo de la localidad, hasta que la batalla de Mbororé terminó con estos ataques.
Actualmente podemos apreciar lo que ha quedado de estos primeros acentamientos haciendo el recorrido de senderismo del Parque Provincial de la sierra Ingeniero Raúl Martínez Crovetto.